Mail: mozziconacci@lptmc.jussieu.fr

Site web : http://www.lptl.jussieu.fr/user/pipo/M3V/m3v.html

Unité d'appartenance : LPTMC

Responsable d'unité : Pascal Viot

Code unité : UMR 7600    Institut : INP       Section principale : 02

Ville : Paris     Délégation régionale : Ile de France - Est

Nom de l'équipe : Modélisation Multiéchelles de la Matière Vivante (M3V)

Thématique de l'équipe (< 10 lignes) :

L'activité de notre équipe est centrée sur la modélisation physique des systèmes vivants et de leur régulation, depuis les mécanismes moléculaires jusqu' à la biologie systémique, en intégrant toutes les échelles d'espace et de temps.

A l'échelle moléculaire, nous étudions plus particulièrement l'interaction ADN-protéine et le rôle clé joué par les ions en solution. A l'échelle nanoscopique nous modélisons les propriétés structurales et mécaniques du nucléosome et de la fibre de chromatine à partir des observations réalisées par pinces magnétiques. Aux échelles supérieures nous modélisons l'architecture des chromosomes et leur organisation dans le noyau.

Notre objectif à long terme est de de comprendre le rôle de l'architecture et de la dynamique des chromosomes dans les fonctions vitales du noyau, en particulier dans la transcription et la réparation.

Techniques utilisées :

Simulations numériques: Monte Carlo, Dynamique moléculaire parallélisée (NAMD), Dynamique de Langevin utilisant des moteurs physiques (Open Dynamics Engine).

Outils de visualisation et d'animation 3D: VMD, Blender

Théorie des réseaux, toutes méthodes statistiques d'analyse de données

Mécanique statistique des polymères et des systèmes chargés (lois d'échelle, équation de Poisson-Boltzmann,...)

Mots clés (thématiques et/ou techniques; <10) :

Nucléosome, fibre de chromatine, modélisation, électrostatique, topologie, pinces magnétiques, Hi-C, transcription, réparation.