LOPES Judith

Fonction : CR Inserm

Mailjudith.lopes@mnhn.fr

 

Unité d'appartenance : Structure et Instabilité des Génomes

Responsable d'unité : Jean-Baptiste Boulé

Code unité : UMR 7196          Institut : INC             Section principale : 16

Ville : Paris              Délégation régionale : Ile de France - Est

 

Nom de l'équipe : ADN Répété, Chromatine, Evolution (ARChE)

Responsable : Christophe ESCUDÉ

Site web : https://biophysique.mnhn.fr/fr/arche-9044

 

Thématique de l'équipe (< 10 lignes) :

Les séquences d’ADN répétées représentent une fraction importante des génomes eucaryotes qui demeure peu étudiée. Elles conduisent à l'assemblage de structures chromatiniennes spécifiques et ne sont pas distribuées aléatoirement dans le noyau. Notre équipe s'intéresse à l'évolution de ces séquences et aux fonctions qu'elles sont susceptibles de jouer dans la cellule. Nous mettons en œuvre une approche pluridisciplinaire avec pour objectif de comprendre, à travers l’étude de différentes séquences de mammifères, comment ces séquences participent à la régulation de l'organisation, de l’activité et de la stabilité des génomes et quelles sont les contraintes s'exerçant sur leur évolution. Les retombées de ce travail concernent donc l’évolution des génomes et la compréhension des mécanismes de la différentiation cellulaire et de certaines pathologies.

Techniques utilisées :

biologie moléculaire et cellulaire (extraction et analyse d’acides nucléiques, ChiP-seq, HiC, culture et transfection de cellules, différentiation de cellules souches), bioinformatique (classification de séquences répétées, conception de sondes, analyse de données NGS), imagerie (microscopie de fluorescence, immunomarquage, FISH, détection automatisée d’objets), modélisation statistique.

Mots clés (thématiques et/ou techniques; <10) :

ADN, séquences répétées, chromatine, épigénétique, centromère, organisation nucléaire, microscopie de fluorescence.