Fonction : Directeur de Recherche CNRS
Tél : 01 44 32 36 61
Maill : david.holcman@ens.fr

Unité d'appartenance : IBENS

Responsable d'unité : Pierre Paoletti

Code unité : UMR8197      Institut : INSB    Section principale : 4

Ville : Paris    Délégation régionale : DR2 Paris B

 

Nom de l'équipe : Computational biology and data modeling

Responsable : David HOLCMAN

site web : http://www.biologie.ens.fr/bcsmcbs/

 

Thématique de l'équipe (< 10 lignes) :

Notre équipe s'intéresse à la problématique de l'organisation nucléaire par le biais de la modélisation physique, l’analyse de données et la simulations numérique. Nous avons développé divers modèles pour:

• - analyse de données HiC et single HiC
• - analyse de trajectoires de locus (coll S. Gasser, K. Dubrana et E. Laue)
• - analyse de polymere.

Nous nous intéressons aux processus de réparation de l'ADN après une cassure double brin, mais aussi a l’organisation des TADs dans les cellules cancéreuses du sein (coll. D. Noordann). Nous nous  intéressons à la dynamique des remodelers avec Srinjan Basu, U. of Cambridge.

Ces travaux s’inscrivent dans une perspective plus globale de modélisation des propriétés de la cellule à l'échelle moléculaire en utilisant des techniques s’inspirant de la physique statistique, du calcul stochastique, et de simulations.

Techniques utilisées :

Modélisation mathématique et physique, simulations, calcul stochastique, analyse d'image, physique statistique.

Collaborations avec des expérimentalistes

A Taddei, K Dubrana, G Almouznie, T. Galli, N. Rouach, M. Segal, A. Prochaintz, A. Triller,

Mots clés (thématiques et/ou techniques; <10) :

Modélisation, simulations, cassure double brin, organisation nucléaire, télomère, polymère, chromatine, homologous recombination. Looping de l’ADN.

 

Thématique de l'équipe (< 10 lignes) :

Techniques utilisées :
Modélisation mathématique et physique, simulations, calcul stochastique, analyse
d'image, physique statistique.
Collaborations avec des expérimentalistes
K Dubrana, N. Rouach, D. Noordaan, E. Laue, S. Basu, D. Ron, E. Avezov
Mots clés (thématiques et/ou techniques; <10) :
Modélisation, simulations, cassure double brin, organisation nucléaire, polymère,
chromatine, homologous recombination. Looping de l’ADN. Cancer du sein