BURGUET Jasmine

 Mail : jasmine.burguet@versailles.inra.fr

Site web : en construction

Unité d'appartenance : Institut Jean-Pierre Bourgin, UMR1318 INRA-AgroParisTech

Responsable d'unité : David BOUCHEZ

Code unité : UMR1318  Institut : INRA 

Ville : Versailles    

Nom de l 'équipe :Modélisation et imagerie numérique

Thématique de l'équipe L'activité de l'équipe est centrée sur le développement de méthodes, d'algorithmes et d'outils pour l'étude des organisations spatiales dans les systèmes biologiques. Les applications de nos développements couvrent différentes échelles (histologique, cellulaire, subcellulaire) dans des domaines variés (neuroanatomie, trafic intracellulaire, architecture nucléaire). Notre activité combine traitement d'images, reconstruction 3D et modélisation pour, d'une part, mettre en évidence et quantifier des principes d'organisation spatiale et, d'autre part, identifier les déterminants, facteurs et mécanismes qui les sous-tendent. L'un de nos principaux projets, conduit en collaboration long-terme avec l'équipe de Valérie Gaudin (IJPB, INRA Versailles), porte sur la modélisation de l'architecture fonctionnelle du noyau chez Arabidopsis thaliana.Techniques utilisées :

Traitement et analyse d'images numériques en microscopie (filtrage, recalage, segmentation). Reconstruction et modélisation de structures 3D. Normalisation spatiale et construction d'atlas 3D : recalage, moyennage et warping. Statistiques spatiales (fonctions de distance, estimation de densités). Modélisation spatiale et dynamique moléculaire (approches gros-grain).

Mots clés (thématiques et/ou techniques; <10) :

Architecture nucléaire. Chromatine. Microscopie confocale. Traitement et analyse d'images. Statistiques spatiales. Normalisation spatiale. Modélisation. Arabidopsis thaliana.