BIOT Eric

Fonction : IE INRAE

Mail : Eric.Biot@inrae.fr

 

Unité d'appartenance : Institut Jean-Pierre Bourgin, UMR1318 INRAE-AgroParisTech

Responsable d'unité : Anne KRAPP

Code unité : UMR1318  Institut : INRAE

Ville : Versailles    

 

Nom de l 'équipe : Modélisation et imagerie numérique

Responsable : Philippe ANDREY

Site web : https://ijpb.versailles.inrae.fr/en/research-teams/modeling-and-digital-imaging/presentation

 

Thématique de l'équipe L'activité de l'équipe est centrée sur le développement de méthodes, d'algorithmes et d'outils pour étudier les organisations spatiales dans les systèmes biologiques (caractéristiques, développement, régulations). Les applications de nos développements couvrent différentes échelles (histologique, cellulaire, subcellulaire) et des questions variées (architecture nucléaire, trafic intra-cellulaire, organisations multi-cellulaires et morphogenèse). A l’intersection de l’analyse d’images, des statistiques spatiales et de la modélisation computationnelle, notre activité a pour objectif, d'une part, de mettre en évidence et quantifier des principes d'organisation spatiale et, d'autre part, d’identifier les déterminants, facteurs et mécanismes qui les sous-tendent. L'un de nos principaux projets, conduit en collaboration long-terme avec l'équipe de Valérie Gaudin (IJPB, INRA Versailles), porte sur la modélisation de l'architecture fonctionnelle du noyau chez Arabidopsis thaliana.

Techniques utilisées :

Traitement et analyse d'images numériques en microscopie (filtrage, recalage, segmentation). Reconstruction de structures 3D, normalisation spatiale et atlasing (recalage, moyennage, warping). Statistiques spatiales pour processus de points et processus d’objets (modèles de distributions spatiales, fonctions de distance, estimation de densités). Modélisation computationnelle de processus cellulaires.

Mots clés (thématiques et/ou techniques; <10) :

Architecture nucléaire. Chromatine. Microscopie confocale. Traitement et analyse d'images. Statistiques spatiales. Modélisation computationnelle. Arabidopsis thaliana.