Fonction : DR2 CNRS

Tél : 04 2623 3852    Fax : 04 72 72 80 80

Mail : benjamin.audit@ens-lyon.fr

Site web perso : http://perso.ens-lyon.fr/benjamin.audit/

 

Unité d'appartenance : Laboratoire de Physique de l'ENS de Lyon

site web: http://www.ens-lyon.fr/PHYSIQUE

Responsable d'unité : Jean-Christophe GÉMINARD

Code unité : UMR 5672      Institut : INP      Section principale : 2, 5, 7, 10, 11

Ville : Lyon     Délégation régionale : DR07 - Rhône Auvergne

 

Nom de l'équipe : Chromatine et Génome

Responsables: Benjamin AUDIT et Cédric VAILLANT

 

Thématique de l'équipe (< 10 lignes) :

Notre équipe de physiciens s'intéresse à l'organisation tant fonctionnelle (réplication, transcription) que spatiale (structure et dynamique) du génome. L'équipe est spécialisée dans l'analyse statistique des données génomiques et la modélisation des processus nucléaires. Nos domaines d'application actuels concernent principalement le programme de réplication de l'ADN des eucaryotes et l'écriture génomique du positionnement des nucléosomes. Il s'agit, d'une part, d'analyser des profils expérimentaux de réplication de l'ADN (timing de réplication, orientation des fourches de réplication) et de modéliser l'effet de la structure de la chromatine sur le programme de réplication. Nous pensons en particulier que l'analyse pangénomique quantitative et la modélisation mathématique de la réplication de l'ADN doit nous permettre de mieux comprendre le stress réplicatif au cours de la progression tumorale. D'autre part nous étudions quelle est l'influence, sur l'évolution (profils de mutation, insertion des éléments transposables) des génomes de vertébrés, du positionnement des nucléosomes par la séquence nucléotidique.

Techniques utilisées :

- traitement du signal et de l'image (transformation en ondelettes)

- physique des polymères, dynamique moléculaire

- bioinformatique et génomique

Mots clés (thématiques et/ou techniques; <10) :

Réplication de l'ADN, analyse et modélisation multi-échelle, évolution des génomes, chromatine, positionnement du nucléosome, épigénétique.