Fonction : DR2 CNRS
Tél : 04 2623 3852 Fax : 04 72 72 80 80
Mail : benjamin.audit@ens-lyon.fr
Site web perso : http://perso.ens-lyon.fr/benjamin.audit/
Unité d'appartenance : Laboratoire de Physique de l'ENS de Lyon
site web: http://www.ens-lyon.fr/PHYSIQUE
Responsable d'unité : Jean-Christophe GÉMINARD
Code unité : UMR 5672 Institut : INP Section principale : 2, 5, 7, 10, 11
Ville : Lyon Délégation régionale : DR07 - Rhône Auvergne
Nom de l'équipe : Chromatine et Génome
Responsables: Benjamin AUDIT et Cédric VAILLANT
Thématique de l'équipe (< 10 lignes) :
Notre équipe de physiciens s'intéresse à l'organisation tant fonctionnelle (réplication, transcription) que spatiale (structure et dynamique) du génome. L'équipe est spécialisée dans l'analyse statistique des données génomiques et la modélisation des processus nucléaires. Nos domaines d'application actuels concernent principalement le programme de réplication de l'ADN des eucaryotes et l'écriture génomique du positionnement des nucléosomes. Il s'agit, d'une part, d'analyser des profils expérimentaux de réplication de l'ADN (timing de réplication, orientation des fourches de réplication) et de modéliser l'effet de la structure de la chromatine sur le programme de réplication. Nous pensons en particulier que l'analyse pangénomique quantitative et la modélisation mathématique de la réplication de l'ADN doit nous permettre de mieux comprendre le stress réplicatif au cours de la progression tumorale. D'autre part nous étudions quelle est l'influence, sur l'évolution (profils de mutation, insertion des éléments transposables) des génomes de vertébrés, du positionnement des nucléosomes par la séquence nucléotidique.
Techniques utilisées :
- traitement du signal et de l'image (transformation en ondelettes)
- physique des polymères, dynamique moléculaire
- bioinformatique et génomique
Mots clés (thématiques et/ou techniques; <10) :
Réplication de l'ADN, analyse et modélisation multi-échelle, évolution des génomes, chromatine, positionnement du nucléosome, épigénétique.
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